Hetimet për atë që konsiderohet si “Afera e Sterilizimit” kanë treguar se një ndër elementët që rëndojnë pozitën e ish-Ministrit të Shëndetësisë Ilir Beqaj, është edhe ai i mos-kthimit të një përgjigje shkresore në vitin 2014. Bëhet fjalë për një komunikim shkresor ku asokohe me detyrën e Drejtoreshës së Përgjithshme të QSUT, Ogerta Manasterliu i ka dërguar një shkresë Ministrit të Shëndetësisë, shkresë e cila mban numrin protokollar 1106 datë 27 shkurt 2014. Objekti i kësaj shkrese ishte “Informacion mbi gjendjen e sistemit të repartit të sterilizimit në QSUT, si dhe për marrjen e masave për fillimin e funksionimit të tij”. Ky dokument u referua edhe nga një raport i Kontrollit të Lartë të Shtetit në vitin 2014. Por ajo që u vu re ishte se Ministria e Shëndetësisë nuk e mori parasysh këtë shkresë ose së paku nuk iu kthye përgjigje. Drejtoresha e QSUT në 2014 Ogerta Manastirliu e informonte ministrinë, se në këtë spital kishte 27 autoklava, për sterilizimin e pajisjeve kirurgjikale, por edhe pajisje moderne për të cilat shteti shqiptar po vazhdonte të shlyente një kredi për blerjen e tyre. Edhe sipas KLSH në vitin 2011 u blenë me ‘kredi’ tërësisht pajisjet përkatëse, moderne, për gjithë QSUT, të cilat ndodheshin të hapura dhe gjendeshin në një kat të Spitalit të Urgjencës që njihej si ‘Pavioni i Sterilizimit’, por ishin të pavendosura në punë. Auditimi i KLSH konstatoi asokohe se QSUT kishte në zotërim një kapacitet mbi dyfishin e nevojave të saj. Por edhe pse QSUT kishte kapacitete të larta sterilizimi, hije dyshimi lindën mbi faktin sesi qendra e sterilizimit nuk u hap kurrë edhe pse drejtoresha e QSUT e kishte njoftuar asaj kohe dikasterin e Ministrisë së linjës se i kishin këto kapacitete. Për dy vite, qendra e sterilizimit në QSUT nuk u vendos në punë. Dëmi që mosvënia në punë e repartit të sterilizimit i shkaktoi buxhetit të shteti sipas KLSH ngarkonte me përgjegjësi titullarët e Ministrisë së Shëndetësisë nga viti 2012 deri në vitin 2016, midis tyre edhe ish-ministrin i Shëndetësisë, Ilir Beqaj. Sipas KLSH, amortizimi i pajisjeve është në vlerën rreth 6 000 000 lekë. Duke u nisur nga llogaritje të përafërta shpenzimet vjetore për sterilizimin në QSUT do të ishin rreth 96 000 000 lekë. Në 2016 koncesionari përdori të gjitha asetet e sterilizimit të QSUT për të cilat shteti shqiptar vazhdonte të paguante. Sipas KLSH veprimet ose mosveprimet e titullarëve për mos vënien në funksion të aseteve të QSUT, në periudhën 2012-2016, shkaktuan dëme për buxhetin e shtetit në vlerat prej afro 460 000 000 lekë për vitin 2017, dhe gati 302 000 000 lekë për vitin 2018, dëme për të cilat sa më sipër mbajnë përgjegjësi titullarët nga viti 2012, si dhe ish-Ministri i Shëndetësisë, Ilir Beqaj siç tha KLSH në raporte. Nga hetimet që po i bëhen çështjes së sterilizimit në një dosje voluminoze prej afro 400 faqesh thuhet se edhe pse ministri Beqaj ishte në dijeni të investimit të kryer në QSUT asokohe ai nuk mori asnjë masë që ta vinte në punë qendrën e Sterilizimit, pasi e kishte marrë paraprakisht vendimin për dhënien e shërbimit me koncesion. Ajo që e rëndon edhe më shumë pozitën e ish-Ministrit të Shëndetësisë Ilir Beqaj, është moskthimi i përgjigjes ndaj shkresës së dërguar nga Manastirliu në 2014. Hetimet e SPAK pas verifikimit në sektorin e Arkiv-Protokollit në Ministrinë e Shëndetësisë dhe Mbrojtjes Sociale, treguan se për shkresën nr.1106 prot. datë 17 shkurt 2014 nuk ka patur asnjë kthim përgjigje.
