Marrëveshja mes qeverisë shqiptare dhe Fondacionit për Menaxhimin e Butrintit, që parashikon administrimin e Parkut Kombëtar të Butrintit nga ky fondacion ka shkaktuar polemika dhe debate në Akademinë e Shkencave. Historiani e njohës i mirë i sitit që prej vitit 1994, Auron Tare dënoi ashpër dorëzimin e Parkut të Butrintit, ndërsa theksoi se ky sit arkeologjik do të mbajë emrin e Richard Hodges, e ndëkaq sipas Tares duhej ndaluar mënjanimi i figurave që i përkasin arkeologjisë në Shqipëri, që nuk janë pjesë e planit të menaxhimit. Menjëherë pas fjalës së Tares, i shpejtë qe reagimi i Skënder Gjinushit, që shmangu përgjegjësinë nga Akademia e Shkencave, duke u shprehur se mbështet institucionet që kanë fuqi vendimmarrëse. Skandalin që po ndodh me Parkun Kombëtar të Butrintit, arkeologu Neritan Ceka e quajti vetëvrasje të partive politike në derën e sitit, ndërsa theksoi se Butrinti nuk është pronë e një partie. I pranishëm në debat ishte dhe arkeologu Apollon Baçe që tha se është e turpshme të jesh mysafirë në shtëpinë tënde, lidhur me trashëgiminë kulturore dhe atë që po ndodh me Parkun kombëtar të Butrintit.
