Nën orkestrimin e Ramës, PS nuk e pranoi rezultatin e zgjedhjeve të vitit 2009, dhe për rrjedhojë bojktoi nga shtatori 2009 deri në shkurt 2010 parlamentin. Gjatë kësaj periudhe deputetët e PS nuk pranuan të kryenin betimin dhe në këtë mënyrë grupi i PS bojktoi punimet e kuvendit.
Në diskutimet brënda grupit të PS, Ilir Beqaj ishte nga më aktivët për të bojktuar parlamentin. Ndërkohë që të gjithë deputetët bojkotues të PS gjatë kësaj kohe nuk kishin të drejtë të merrnin pagën e deputetit dhe për këtë akuzonin kryetaren e asaj periudhe të parlamentit Jozefina Topalli, Ilir Beqaj, majft aktiv në mbështetje të Ramës, vazhdonte të kishte fitime të majme përmes firmës së tij private nga e cila nuk mkishte hequr dorë; gjë që duhet ta kishte bërë bërë që në momentin e fitimit të mandatit të deputetit nga Komisioni Qëndror i Zgjedhjeve para shtatorit 2009.
Para Ilir Beqaj aktiv pro bojkotit të parlamentit vazhdonte ndërkohë të përfitonte fitime të majme duke marrë pjesë me kompaninë e tij Intech.shpk në tendera në Bashkinë Durrës. Në 22 tetor 2009 Kompania Intech.shpk do të fitonte një tender në bashkinë e Durrësit, të drejtuar nga Vangjush Dako, në një vlerë 24.240.000 lekë.
Do të ishte pikërisht që do ta vinte Ilir Beqen përballë Gjykatës Kushtetuese për ti hequr mandatin e deputetit me akuzën e dhunimit të nenit 70.3 të Kushtetutës si “përfitues I të ardhurave nga buxheti i shtetit përmes një aktiviteti privat, ndërkohë që ka zotëruar mandatin e deputetit”.
Ja dhe akuza e Kuvendit për ti hequr mandatin Ilir Beqes: deputeti Ilir Beqja, në kundërshtim me nenin 70/3 të Kushtetutës, ka përfituar të ardhura nga buxheti i pushtetit vendor nëpërmjet një aktiviteti privat të ushtruar gjatë periudhës që ai ka qenë deputet i Kuvendit të Shqipërisë. Pavarësisht ditës së betimit, deputeti Ilir Beqja ka qenë në kushtet e papajtueshmërisë, pasi Kushtetuta e lidh papajtueshmërinë me marrjen e mandatit jo me ushtrimin e tij. Për këtë arsye, bazuar në nenin 70/4 të Kushtetutës, ai kërkon konstatimin e papajtueshmërisë së mandatit të deputetit Ilir Beqja nga Gjykata Kushtetuese.
Gjykata Kushtetuese vendosi ti heqë mandatin e deputetit Ilir Beqes bazuar në akuzën e drejtuar nga Kuvendi.
Kështu Ilir Beqaj do të ishte deputeti i parë pas vitit 1991, i dënuar nga Gjykata Kushtetuese për përfitime nga buxheti i shtetit dhe dhunim të Kushtetutës.
Po ashtu Ilir Beqaj do të merrte një goditje morale të fortë edhe brënda PS. Sepse ndërkohë që deputetët e tjerë të PS bojkonin parlamentin duke mos përfituar dot as pagën e deputetit, Beqaj një nga mbështetësit më të flaktë të Ramës nga njëra anë promovonte bojkotin kurse nga ana tjetër përfitonte tenderin në bashkinë e drejtuar nga Vangjush Dako në vlerë mbi 240 milion lekë të vjetra.
Për shkak të mbëshetjes së flaktë që Beqaj i bënte bojktotit në 2009. Edi Rama e emëroi ministër pas fitimit të zgjedhjeve të 2013, i cili do të cilësohej një nga ministrat më të korruptuar të qeverive Rama.
Më vonë të gjithë deputetët bojkotues të PS parlamentit 2009, arritën të fitonin, përmes një procesi gjyqsor kundër parlamentit, pagat e mbajtura për shkak të bojktotit, bazuar në vendimin e GJK për heqjen e mandatit të Ilir Beqajt.
