Qeveria përcaktoi në vendimin e djeshëm edhe mënyrën e pagesës së mjekëve, të cilët do të transferohen apo do të punojnë në zona specifike të vendit. Sipas vendimit të qeverisë, spitali e ushtron veprimtarinë e tij në përputhje me standardet, treguesit e cilësisë e të performancës, protokollet e diagnozës e të trajtimit, të miratuara nga Ministria e Shëndetësisë dhe Mbrojtjes Sociale. Fondi i Sigurimit të Detyrueshëm të Kujdesit Shëndetësor lidh kontratat me spitalet për financimin e paketave të shërbimeve shëndetësore, të ofruara prej tyre. Gjithashtu, Fondi i Sigurimit të Detyrueshëm të Kujdesit Shëndetësor financon paketën e shërbimeve spitalore të kontraktuara me Buxhetim me zëra shpenzimesh, për paga dhe shpenzime të tjera lidhur me pagën e personelit; kontribute për sigurime shëndetësore e shoqërore të personelit; mallra e shërbime të tjera; ose me Buxhetim global për pagesën e paketave të shërbimeve me çmime të miratuara me vendim të Këshillit të Ministrave. Buxhetimi global detajohet për çdo spital në zëra shpenzimesh me vendim të Këshillit Administrativ të Fondit të Sigurimit të Detyrueshëm të Kujdesit Shëndetësor. Rishpërndarja e buxhetit ndërmjet spitaleve bëhet brenda një kufiri prej 3 % të buxhetit të spitaleve, me vendim të Këshillit Administrativ të Fondit të Sigurimit të Detyrueshëm të Kujdesit Shëndetësor. Sipas vendimeve, mënyra e pagesës dhe e shpërblimit të punës së punonjësve të spitaleve, që kanë lidhur kontratë me FSDKSH përcaktohet me vendim të Këshillit Administrativ të Fondit. Numri i përgjithshëm i punonjësve të spitaleve është 12.016 veta, nga të cilët 141 punonjës në Spitalin Universitar të Traumës për Shërbimin e Urgjencës Ambulatore dhe Shërbimin e Ortopedi-Traumatologjisë. Numri dhe struktura e punonjësve, për çdo spital, miratohen nga ministri i Shëndetësisë dhe Mbrojtjes Sociale. “Për raste të veçanta të mungesës së mjekut specialist në shërbime të ndryshme të spitaleve rajonale e bashkiake, ministri i Shëndetësisë dhe Mbrojtjes Sociale, brenda numrit të përgjithshëm të personelit spitalor, urdhëron kontraktimin, për një periudhë të caktuar, të mjekëve specialistë, sipas nevojave. Këta mjekë të specialiteteve të ndryshme, përveç pagës, trajtohen financiarisht me një bonus deri në 250.000 lekë në muaj. Vlera e bonusit përcaktohet rast pas rasti nga ministri i Shëndetësisë dhe Mbrojtjes Sociale”, thuhet në vendim. Numri i pedagogëve me kontratë shërbimi për spitalet universitare miratohet nga ministri i Shëndetësisë dhe Mbrojtjes Sociale. Pagesa e tyre bëhet nga buxheti i spitalit.
