Gjatë bregut shqiptar të Adriatikut, Kompleksi Ligatinor i Patokut përfaqëson një nga bukuritë natyrore më interesante të këtij bregu. I ndodhur ndërmjet Lumit Mat në Veri dhe Lumit Ishëm në Jug, ky kompleks përfshin një llojshmëri të lartë habitatesh : laguna e brendshme dhe e jashtme (480 ha), pylli (200 ha), tokat bujqësore (450 ha) dhe blegtorale (150 ha). Kjo është ajo çfarë ka mbetur nga një zonë e mëparshme prej 4200 ha që ka kaluar një proces interesant zhvillimi, për shkak te faktorëve natyrore dhe aktiviteteve njerëzore.
E krijuar gjate periudhës së Holocenit, kjo zonë karakterizohej nga një dinamizëm i lartë gjeomorfologjik. Zhvillimi i tij ka kaluar 4 faza, të cilat korrespondojnë me formimin e 4 lagunave, të ndara nga kordonë litoral. Laguna e katërt është Laguna aktuale e Patokut. Një lagune e pestë (laguna e jashtme aktuale) është në një proces formimi aktiv, e influencuar edhe nga një zhvillim i shpejtë i kordonit litoral në pjesën perëndimore. E gjithë zona është e rrafshët dhe karakterizohet nga një proces intensiv tektonik dhe ujëra të shumtë nëntokësore. Procesi natyror i zhvillimit të lagunës i detyrohet 3 faktorëve kryesore: rrëgjimit të Lumit Ishëm, rrëgjimit të Lumit Mat dhe rrëgjimit talasografik. Deri në vitet 50 të shekullit XX kanë dominuar zhvillimet spontane dhe në të gjithë zonën kanë mbizotëruar elementet natyrore të habitateve.
Nga bimët detare, në pjesën perëndimore, më të zakonshmet janë livadhet nënujore të Fucus virsoides dhe Posidonia oceanica. Bimësia ujore e lagunës karakterizohen nga sasi e madhe e mikroalgave, sepse ka rritje të shpeshtë të trofisë si rrjedhojë e rritjes së azotit dhe fosforit. Një nga treguesit e kësaj gjendjeje është edhe sasia e lartë e diatomeve.
Fauna invertebrore e Kompleksit Ligatinor të Patokut dhe pellgut ujëmbledhës të tij, duke përfshirë ujërat e ëmbla, kanalet, kënetat, estuaret dhe bregun rreth lagunës, karakterizohet nga një shumëllojshmëri e grupeve dhe llojeve, nga molusqet (midhjet dhe kërmijtë) deri tek gaforret dhe insektet.
Iktiofauna përbën një nga vlerat më të çmuara te lagunës, më shumë lloje peshqish me interes ekonomik, siç janë qefujt (Mugil cephalus, Liza ramada, Liza saliens), ngjala (Anguilla anguilla), barbuni (Mullus barbatus), gjuhëza (Solea vulgaris), koca (Sparus auratus), levreku (Dicentrarcus labrax) etj.
Karakteristikat fiziko-gjeografike
Karakteristikat fiziko-gjeografike të kësaj zone janë faktorë kryesorë për potencialet e zhvillimit të saj dhe e bëjnë atë mjaft tërheqëse në shume aspekte. Dimri relativisht i butë dhe vera e freskët, 2479 orë me diell në vit, temperatura mesatare vjetore 15,5 °C dhe sasia mesatare vjetore e reshjeve 1463 mm, tregojnë një potencial të lartë klimatik, që ushtron një ndikim të madh në zhvillimin intensiv të ekosistemit. Këto karakteristika dhe shumëllojshmëria e habitateve janë të lidhur ngushtë me biodiversitetin e lartë të Kompleksit Ligatinor të Patokut. Shumëllojshmëria e bimësisë është një nga karakteristikat më spikatëse të këtij kompleksi. Nga bimët detare, në pjesën perëndimore, më të zakonshmet janë livadhet nënujore të Fucus virsoides dhe Posidonia oceanica. Bimësia ujore e lagunës karakterizohen nga sasi e madhe e mikroalgave, sepse ka rritje të shpeshtë të trofisë, si rrjedhojë e rritjes së azotit dhe fosforit. Një nga treguesit e kësaj gjendjeje është edhe sasia e lartë e diatomeve. Makroalgat e lagunës i përkasin algave të gjelbra (Chlorophyta) dhe algave të murrme (Pheophyta). Livadhet e fanerogameve mbulojnë rreth 40 % të fundit të lagunës. Ato përbëhen nga Zostera noltii, por në ujëra të cekët dhe të qetë gjendet gjithashtu Ruppia spiralis. Kjo fitocenozë ka një rol shumë të rëndësishëm në lagunë.Bimësia higro dhe hidrofile mbulon një zonë të konsiderueshme të pjesëve periferike të lagunës. Ato dominohen nga 3 shoqërime kryesore të kallamishtes (Phragmites), shavarit (Thypha) dhe shqirrës (Scirpus). Bimësia halofile është me e prajshme në pjesën veriore dhe jugore të lagunës. Kjo bimësi i përket disa shoqërimeve, nga të cilat me të rëndësishme janë ato me Arthrocnemum dhe Juncus.Bimësia e dunave gjendet kryesisht në pjesën perëndimore, me një numër të lartë llojesh. Shkurret në brigjet e lagunës dominohen nga marina (Tamarix), konopica (Vitex) dhe manaferra (Rubus). Sipërfaqja pyjore më e rëndësishme i përket pyllit të Fushë-Kuqes, në pjesën lindore të lagunës. Aktualisht ka mbetur vetëm gjysma e sipërfaqes së pyllit dikur të famshëm, ku mbizotërojnë verri (Alnus glutinosa), frashëri (Fraxinus angustifolia) dhe më pak vidhi (Ulmus campestre), rrenja (Quercus robur), plepi i bardhë (Populus alba), pisha e butë (Pinus pinea) dhe pisha e egër (Pinus halepensis). Sipërfaqe të vogla me plep dhe akacie janë pyllëzuar artificialisht prej disa dhjetëra vitesh. Peshk quhet çdo kafshë ujore kurrizore që është e mbuluar me luspa dhe e pajisur me krahë çifte dhe krahë teke. Shumica e peshqve janë me gjak të ftohtë. Peshqit janë gjetur në lumenjtë e maleve të lartë si p.sh. peshqit e vegjël dhe në thellësitë më të mëdha të oqeanit. Kanë pasur një rol në kulturën përmes vjetërsisë, duke shërbyer si hyjni, simbol fetar, si lëndë e artit, librit dhe filmit. Termi “peshk” më saktësisht përshkruan një kafshë me një kafkë dhe, në të shumtën e rasteve, me shtyllë kurrizore dhe me gjymtyrë në formën e krahëve. Ndryshe nga grupimet e tilla si zogj apo gjitarë, peshqit nuk janë të një klase të vetme, por një koleksion. Një peshk tipik është me gjak te ftohtë dhe ka një trup të përshtatshëm për notim të shpejtë, ka dy grupe krahësh dyshe, njëshe (rrallë tre).
Qefulli
Qefulli është peshk i ujërave të kripura që gjendet si në Jon dhe në Adriatik. Jeton ne tufa,dhe arrin deri në 5 kg. Në Shqipëri, numërohen rreth 8 lloje qefujsh: Cumrra, kryeholli, kryeziu, veshverdhi, qefulli me buzë. Ushqehet pothuajse me gjithçka, gjithashtu është ushqim për shumë grabitqare, peshq të tjerë. Gjendet pothuajse gjithë vitit, në afërsi të brigjeve, por noton disa kilometra edhe nëpër grykat e lumenjve. Edhe në porte, ka shume prej tyre, që ushqehen me mbeturinat që hedhin anijet. Ka mish të shijshëm, i cili varion, nga vendi ku gjuhet. Nuk është i shijshëm Qefulli që rritet në afërsi të porteve. Është peshk që përshtatet shumë mirë me kushtet, prandaj dhe është shumë shpesh i kultivuar.
Levreku
Levreku është 1 ndër peshqit më të shijshëm që rritet në detet tona. Gjendet më shumë, në muajt e dimrit, pranë brigjeve. Ushqehet me peshq të tjerë, qefull, shtiza etj. Arrin me raste edhe në 14 kg 1 ekzemplar. Kur është i vogël, tek 300 gramësh, ka mbi trup pika të zeza të çrregullta, të cilat zhduken kur rritet. Kur është me pika, peshkatarët e quajnë caferr. Noton ne fund të detit, ku lëshon edhe vezët në shkurt-mars.
Bishtmëllenja
Bisht mëllenja, ka shumë në Adriatik. Ky lloj peshku, jeton në vendet që kanë fund ranor. Ushqehet me peshq të tjerë. Është shume karakteristik, pasi është në formë rombi dhe ka aftësinë të fshihet në rërë, ku ruhet nga gjuetarët e tjerë, si dhe gjuan për vete. Arrin deri në 5-6 kile (të paktën kaq kam kapur vetë më të madhin). Ka mish të mrekullueshëm. Në afërsi të brigjeve gjendet pothuajse gjithë vitit, por më shumë në tetor-nëntor. Është 2 llojesh. Njëri prej tyre është me disa si gjemba në kurriz, dhe është më i shijshmi.
Ngjala e egër
Ngjala e egër është në formë gjarpri, me ngjyrë si karotë. Ka dhëmbë të mprehtë dhe ushqehet me peshq të tjerë, kryesisht të ngordhur. Gjendet si në Adriatik si në Jon. Preferon fundet shkëmbore. Arrin deri në mbi 2 metra gjatësi dhe 1 peshë që i kalon të 50 kilogramët. Nuk preferohet në të ngrënë për shkak të halave që ka. Mbas 97 është shtuar shumë si pasojë e dinamitit, pasi pëlqen shumë të ushqehet me peshq të ngordhur të cilët i gjen me lehtësi pas gjuetie që peshkatarë maskarenj bëjnë me dinamit, ku nuk e mbledhin dot të gjithë peshkun që vrasin.
Morena
Morena ngjason me vrongon, por vetëm nga karakteristikat. Jeton nëpër shkëmbinj, ku zakonisht ka 1 zonë të sajën. Trupin e ka si kafe e errët me njolla të çrregullta të verdha. Shkon në mbi 1,5 metra dhe i kalon të 50 kilet. Ka qenë objekt legjendash që në Greqinë e lashtë, për egërsinë e saj. Është shumë e shijshme. Më tepër gjendet në Jon, por nuk mungon dhe në Adriatik. Ka dhëmbë të mprehtë e të rrezikshëm.
Peshku shtizë
Ka ngjyrë të argjendtë dhe gjendet në të 2 detet tona. Është ushqim shumë i shijshëm si për njerëzit,ashtu edhe për peshqit e tjerë që kanë për menu peshkun. Quhet shtizë, pasi e ka gojën në formën e shtizës, me dhëmbë të imët. Ushqehet me peshq më të vegjël se veten, si dhe me peshq shtizë kur janë më të vegjël se ai. Për t’u ushqyer në fillim e godet ushqimin, pastaj e gëlltit.
