Ky liqen është i krijuar nga lëvizjet tektonike, nga erozioni karstik dhe erozioni lumor. Më parë, sipas një hipoteze, në basenin e këtij liqeni, ka qenë gjiri i detit e më pas kanë gjetur vendin lumenjtë : Moraça dhe Buna. Liqeni i Shkodrës është kriptodepresion: fundi i tij është nën nivelin e detit, kurse niveli i tij lëviz ndërmjet 4.7m dhe 10m mbi nivelin e detit. Kështu edhe sipërfaqja e tij lëviz nga 370km2, deri në 540 km2me një thellësi deri në 60m. Lumenjtë e mëdhenj që derdhën në Liqenin e Shkodrës janë: Moraça, Cërmnica, Rijeka, Crnojeviq dhe njëmbëdhjetë lumenjtë tjerë të vegjël. Ndërsa Buna shërben si grykë-derdhje e liqenit në detin Adriatik. Kështu Liqeni i Shkodrës është pjesë e kufirit të Shqipërisë më Malin e Zi, midis maleve të larta të Sutermanit, Rumisë, Tisit dhe degëve të Bjeshkëve të Nëmura. Malit të Zi i përkasin 2/3 e këtij liqeni, gjatësia e të cilit është 23 km në të cilin gjënden rreth 50 ishuj të mëdhenj e të vegjël. I njohur në lashtësi si Palus Labeatis. Pasqyra e tij ujore gjendet në një lartësi 6 metra mbi nivelin e detit, dhe ka një sipërfaqe prej 368 km², nga të cilat 149 km² me një gjatësi brigjesh prej 57 km i përkasin Republikës së Shqipërisë; ndërsa 2/3 Malit të Zi, ku me 1983 e shpalli Park Kombëtar liqenin. Ka një breg shumë të larmishëm të tipit të ultë të “marsheve” në veri dhe shkëmbor në jug. Në bregun jugor shquhen plazhet në rrugën nga Shkodra për në Shirokë e Zogaj, ku më i madhi është Zalli i bardhë. Fauna e liqenit është e shumëllojshme dhe e pasur me 45 lloje peshiqsh e 270 lloje shpendësh. Këto shpendë përbëjnë 87% të gjithë Ornitofaunës të Shqipërisë. Një perlë e kësaj pasurie është padyshim pelikani, zogu më i madh në Europë. Pika më e thellë e liqenit është rreth 45 metra. Në skajin jug-lindor shtrihet Shkodra, nga ku merr edhe emrin. Në këtë liqen nga ana malazeze derdhet lumi i Moraçës e nga ana shqiptare, në mes të rrugës Shkodër-Shirokë merr formë lumi Buna si vazhdim. Bregu i tij është 11 milje dhe shtrihet nga lindja në perëndim. Pranë liqenit është Taraboshi. Pak para derdhjes së Drinit në Bunë, ndodhen 10 dajlane për gjuetinë e peshkut; më të famshmit janë krapi, qefulli, ngjala dhe blini. Fitimet nga këto dajlanë derdhen në arkën e kështjellës.
Pasuritë e liqenit
Ana lindore e liqenit, që lag brigjet shqiptare, është e pasur me lloje të shumta bimësh ujore. Ato gjenden nga bregu dhe deri në 3 m, ndërsa në vende të ndryshme gjenden livadhe nënujore, të përbëra kryesisht nga algat e gjelbra. Në liqen ekzistojnë rreth 700 lloje mikro algash dhe 250 lloje algash. Ndër bimët ujore me gjethe që dalin mbi ujë dhe gjethe notuese, janë kallamishtja, zunkthi, zambakët e ujit të bardhë dhe të verdhë, zhavori etj., që gjenden 1 m afër bregut. Flora drunore e këtij liqeni është dëmtuar shumë vitet e fundit, si pasojë e ndërhyrjeve pa kriter. Në sipërfaqe të vogla gjenden drurë të tillë si shelgu, plepi, frashëri etj. Në zonat pranë liqenit ndodhen pylli i Rragamit, pylli i Dobraçit, pylli i Zabelit etj. Cilësia e ujërave të Liqenit të Shkodrës, kryesisht me origjinë nga burime nëntokësore dhe pozita e saj e veçantë gjeografike në lidhje me Detin Mesdhe (rreth 20 km nga Deti Adriatik), bëjnë që liqeni i Shkodrës të konsiderohet si një nga më interesantët në nivelin evropian, sidomos për biodiversitetin e lartë të specieve të florës dhe të faunës që zhvillohen aty. E konsideruar si rezervati më i madh i ornitologjisë së kontinentit, liqeni është aktualisht Park Kombëtar (Skadarsko jezero) në pjesën e Malit të Zi. Gjithashtu, qeveria shqiptare, pas firmosjes së Konventës së Ramsarit në vitin 1995, e përfshiu Liqenin në listën e zonave të lagështa me rëndësi ndërkombëtare. Konventa e Ramsarit, që u krijua në vitin 1971, merret me zonat e lagështa me rëndësi ndërkombëtare, sidomos si habitat i shpendëve të ujit.
Liqeni i Shkodrës është i pasur dhe në faunë
Rreth 250 lloje shpendësh gjenden në liqen dhe rreth tij, ku gjysma janë migrues dhe pjesa tjetër folezon në brigjet e liqenit. Rreth 70% e llojeve të shpendëve të Shqipërisë ndodhen në liqenin e Shkodrës, ku vetëm në dimër numërohen rreth 40 lloje shpendësh si karabullaku, rosa të ndryshme, kryekuqi, bajukla, çafka, pulëbardha etj. Në pjesën shqiptare të liqenit gjenden shpendë të rralla si pelikani, lejleku, shqiponjat etj., ndërsa në livadhet e liqenit gjatë verës ka shumë zogj si bilbilat, bishtundëza, garguj, tusha etj. Numërohen 45 lloje peshqish, 12 prej të cilëve migrojnë në detin Adriatik si ngjala, qefulli, blini, kubla, levreku, shojza etj. Nga lumi Moraça dhe përrenjtë malorë, në liqen hyjnë trofta dhe ngjala, ndërsa karakteristikë për këtë liqen është krapi. Vlerat turistike të liqenit janë të mëdha, pasi aty ka një harmonizim të përkryer të terreneve malore, fushore e ujore, që i japin kësaj zone një pamje piktoreske. Zonat turistike të Shirokës dhe Zogajt, si dhe vendet piktoreske si Bregu i Ranës, Bishtiqendia, Stërbeqi, Grili, Shegani etj., janë cilësuar si vende të rralla. Liqeni i Shkodrës, në pjesën malazeze është shpallur “Park Kombëtar” që në vitin 1983, dhe që nga viti 1995 zonë “RAMSAR”, sipas konventës përkatëse. Në pjesën shqiptare të liqenit nuk ka faktorë të mëdhenj ndotës, pasi në këtë zonë mungon industria, por një ndotës i madh i këtij liqeni dhe, që, sipas specialistëve është një kërcënim i madh, është fabrika e aluminit, në kufi me Podgoricën në Mal të Zi, një ndër burimet më të rëndësishme ekonomike për shtetin fqinj. Peshqit shtegtarë, sidomos ngjalat, nëpër Bunë e Drin kalojnë në liqenin e Shkodrës dhe në liqenin e Ohrit dhe anasjelltas. Liqeni i Shkodrës, park nacional, është liqeni më i madh dhe rajoni më i madh i peshkimit në Gadishullin Ballkanik. Liqeni është edhe strehë vërri ose stacion “shtegtimi” për shumë shpendë shtegtarë. Këtu jeton edhe pelikani i rrallë (nesiti, gemi) shpendi më i madh notues i Evropës. Veçanti e liqenit është lotosi (kasarani), bimë me frutë që hahet dhe që rritet vetëm këtu. Është bime e çuditshme se, edhe pse rrënjën e ka në ujë, nuk bën frutë në qoftë se gjatë verës nuk bie shi. Në Kraja gjenden gërmadhat e kubeve të kishës dhe muret e kuvendit të Zonjës së Bekuar të Krajës. Për të mbrojtur biodiversitetin, para së gjithash është e nevojshme të ruhet habitati ku jetojnë speciet e ndryshme. Habitati, në fakt, përfaqëson vendin në të cilin karakteristikat fizike mjedisore janë ideale për zhvillimin e një lloji të caktuar apo të një tjetri. Me bimësinë e tij tipike të ambienteve të lagura nga ujrat e ëmbël, liqeni mirëpret shpendë shtegtarë që vijë qoftë nga Europa e Veriut ashtu edhe nga Afrika, të cilët përdorin ujrat ose brigjet e liqenit për të qëndruar në disa periudha të vitit. Mirëpret, gjithashtu, specie të shumta shpendësh joshtegtarë, përfshirë këtu disa specie të rralla si pelikani kaçurrel (Pelecanus crispus, Bruch) (fig. 1.2.1), dallëndyshja e detit faqebardhë (Chlidonias hybridus, Pallas) dhe karabullaku i vogël (Phalacrocorax pigmeus, Pallas).
Peshkimi në Liqenin e Shkodrës
Sot, peshkatarët që ndjekin rregulloren e gjuajtjes janë të paktë. Por peshkatarë-dhunues ka jashtë ç’do mase, të cilët vijnë nga brigjet e dy shteteve. Gjeneratori është bërë mjeti kryesorë për gjuajtjen e peshkut, ku përmes këtij mjeti, Ç’do ditë një lundër arrin të nxjerrë deri në 300 kg peshk. Lidhur me rrugëzgjidhjet për të frenuar problemet e peshkimit dhe për t’i hapur rrugë zhvillimit të kësaj fushe, specialistët e Drejtorisë së Bujqësisë dhe Ushqimit ne Shkodër, shprehen se gjithmonë ka rrugëzgjidhje dhe se nuk është shumë e vështire që të flasësh për rrugëzgjidhje në drejtim të ruajtjes dhe shfrytëzimit racional të peshkimit, pasi ligjet biologjike ekzistojnë në favor të kesaj fushe, por vështirësia qëndron në zbatimin e tyre. “Edhe sjellja e ekuilibrit te strukturave peshkore në nivelin e zhvillimit të mëparshëm nuk është e paarritshme, por natyrisht kërkon studime të shoqëruara gjithmonë me investime. Nga ana tjetër duhet punuar për një sensibilizim të të gjithë qytetarëve, rreth liqenit apo edhe lumit, që të shmangin dukuritë negative, duke eliminuar krejtësisht gjuetinë joracionale të peshkut. Përveç kësaj duhet që të gjitha strukturat komunitare të krijojnë një tjetër vizion, duke krijuar një vlerësim për të gjitha pasuritë ujore në dobi të komunitetit. Ky do të ishte një ndryshim thelbësor, që do të ndihmonte në trajtimin e duhur të të gjitha burimeve të peshkut, që vlerësohen si mjaft të vlefshme për ndikimin që kanë në ekonominë jo të mirë që ka përfshirë banorët e zonës së Shkodrës” shprehen specialistët. Për të ruajtur tërësinë ujore, faunën e liqenit të Shkodrës nga ndërhyrjet e jashtme mjaft negative, si dhe për të rritur shtimin dhe vlerën e peshkut, specialistët e Drejtorisë së Bujqësisë në Shkodër janë të mendimit se domosdoshmërisht ka ardhur koha e riaktivizimit të akuakulturës, duke u bazuar në të gjitha kriteret e nevojshme, nisur nga pozita gjeografike e Shkodrës, që do të sjellë shtimin e peshkut për konsum, shfrytëzimin e të gjitha burimeve ujore dhe tokësore në përshtatje me ruajtjen e vlerave të ambientit dhe kalimin e një pjese të peshkatarëve në alivamente, pra rritësa te peshkut si dhe prodhimin e rasateve për popullimin e liqenit dhe ujëmbledhësave të tjerë. Një kujdes i veçantë sipas tyre duhet të tregohet edhe ndaj peshkimit sportiv, që ka qenë gjithmonë mjaft i përhapur dhe i zhvilluar në rajonin e Shkodrës, për shkak të vlerave të mëdha argëtuese e çlodhëse, pa harruar ato turistike. Në vitet e fundit është theksuar dukshëm mungesa e vendeve të ndryshme në shërbim të amatoreve, të cilët janë ndjerë të privuar nga sporti aq i bukur e tërheqës i peshkimit.
